Repository navigation
Expand file tree
/
Copy pathBMPyr_OPLSAA.itp
More file actions
212 lines (205 loc) · 12.7 KB
/
Copy pathBMPyr_OPLSAA.itp
File metadata and controls
212 lines (205 loc) · 12.7 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
;
; from https://github.com/agiliopadua/ilff
; J.N. Canongia Lopes, A.A.H. Pádua, Molecular Force Field for Ionic Liquids Composed of Triflate or Bistriflylimide Anions, The Journal of Physical Chemistry B. 108 (2004) 16893–16898.
;
[ moleculetype ]
; name nrexcl
Pyr 3
[ atoms ]
; nr type resnr residu atom cgnr charge mass
1 N3 1 Pyr N3 1 0.12 14.007
2 C1 1 Pyr C1 2 -0.17 12.011
3 C2 1 Pyr C2 3 0.01 12.011
4 C1 1 Pyr C1 4 -0.17 12.011
5 C2 1 Pyr C2 5 0.01 12.011
6 H1 1 Pyr H1 2 0.13 1.008
7 H1 1 Pyr H1 2 0.13 1.008
8 H1 1 Pyr H1 3 0.13 1.008
9 H1 1 Pyr H1 3 0.13 1.008
10 HC 1 Pyr HC 4 0.06 1.008
11 HC 1 Pyr HC 4 0.06 1.008
12 HC 1 Pyr HC 5 0.06 1.008
13 HC 1 Pyr HC 5 0.06 1.008
14 C1 1 Pyr C1 6 -0.17 12.011
15 H1 1 Pyr H1 6 0.13 1.008
16 H1 1 Pyr H1 6 0.13 1.008
17 H1 1 Pyr H1 6 0.13 1.008
18 C1 1 Pyr C1 7 -0.17 12.011
19 H1 1 Pyr H1 7 0.13 1.008
20 H1 1 Pyr H1 7 0.13 1.008
21 C2 1 Pyr C2 8 0.01 12.011
22 HC 1 Pyr HC 8 0.06 1.008
23 HC 1 Pyr HC 8 0.06 1.008
24 CS 1 Pyr CS 9 -0.12 12.011
25 HC 1 Pyr HC 9 0.06 1.008
26 HC 1 Pyr HC 9 0.06 1.008
27 CT 1 Pyr CT 10 -0.18 12.011
28 HC 1 Pyr HC 10 0.06 1.008
29 HC 1 Pyr HC 10 0.06 1.008
30 HC 1 Pyr HC 10 0.06 1.008
[ bonds ]
; ai aj funct c0 c1
1 2 1 0.1471 307100 ; N3 C1
1 4 1 0.1471 307100 ; N3 C1
1 14 1 0.1471 307100 ; N3 C1
1 18 1 0.1471 307100 ; N3 C1
2 3 1 0.1529 224200 ; C1 C2
2 6 1 0.1090 284500 ; C1 H1
2 7 1 0.1090 284500 ; C1 H1
3 5 1 0.1529 224200 ; C2 C2
3 10 1 0.1090 284500 ; C2 HC
3 11 1 0.1090 284500 ; C2 HC
4 5 1 0.1529 224200 ; C1 C2
4 8 1 0.1090 284500 ; C1 H1
4 9 1 0.1090 284500 ; C1 H1
5 12 1 0.1090 284500 ; C2 HC
5 13 1 0.1090 284500 ; C2 HC
14 15 1 0.1090 284500 ; CT HC
14 16 1 0.1090 284500 ; CT HC
14 17 1 0.1090 284500 ; CT HC
18 19 1 0.1090 284500 ; C1 H1
18 20 1 0.1090 284500 ; C1 H1
18 21 1 0.1529 224200 ; C1 C2
21 22 1 0.1090 284500 ; C2 HC
21 23 1 0.1090 284500 ; C2 HC
21 24 1 0.1529 224200 ; C2 CS
24 25 1 0.1090 284500 ; CS HC
24 26 1 0.1090 284500 ; CS HC
24 27 1 0.1529 224200 ; CS CT
27 28 1 0.1090 284500 ; CT HC
27 29 1 0.1090 284500 ; CT HC
27 30 1 0.1090 284500 ; CT HC
[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c1
1 2 3 1 109.5 669.4 ; N3 C1 C2
1 2 6 1 109.5 418.4 ; N3 C1 H1
1 2 7 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 4 5 1 109.5 669.4 ; N3 C1 C2
1 4 8 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 4 9 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 14 15 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 14 16 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 14 17 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 18 19 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 18 20 1 109.5 209.2 ; N3 C1 H1
1 18 21 1 109.5 669.4 ; N3 C1 C2
2 1 4 1 109.5 418.4 ; C1 NA C1
2 3 5 1 112.7 488.3 ; C1 C2 C2
2 3 10 1 110.7 313.8 ; C1 C2 HC
2 3 11 1 110.7 313.8 ; C1 C2 HC
2 1 14 1 109.5 418.4 ; C1 N3 C1
2 1 18 1 109.5 418.4 ; C1 N3 C1
4 5 3 1 112.7 488.3 ; C1 C2 C2
4 5 12 1 110.7 313.8 ; C1 C2 HC
4 5 13 1 110.7 313.8 ; C1 C2 HC
4 1 14 1 109.5 418.4 ; C1 N3 C1
4 1 18 1 109.5 418.4 ; C1 N3 C1
3 2 6 1 110.7 313.8 ; C2 C1 H1
3 2 7 1 110.7 313.8 ; C2 C1 H1
3 5 12 1 110.7 313.8 ; C2 C2 HC
3 5 13 1 110.7 313.8 ; C2 C2 HC
5 4 8 1 110.7 313.8 ; C2 C1 H1
5 4 9 1 110.7 313.8 ; C2 C1 H1
5 3 10 1 110.7 313.8 ; C2 C2 HC
5 3 11 1 110.7 313.8 ; C2 C2 HC
14 1 18 1 109.5 418.4 ; C1 N3 C1
18 21 22 1 110.7 313.8 ; C1 C2 HC
18 21 23 1 110.7 313.8 ; C1 C2 HC
18 21 24 1 112.7 488.3 ; C1 C2 CS
21 18 19 1 110.7 313.8 ; C2 C1 H1
21 18 20 1 110.7 313.8 ; C2 C1 H1
21 24 25 1 110.7 313.8 ; C2 CS HC
21 24 26 1 110.7 313.8 ; C2 CS HC
21 24 27 1 112.7 488.3 ; C2 CS CT
24 21 22 1 110.7 313.8 ; CS C2 HC
24 21 23 1 110.7 313.8 ; CS C2 HC
24 27 28 1 110.7 313.8 ; CS CT HC
24 27 29 1 110.7 313.8 ; CS CT HC
24 27 30 1 110.7 313.8 ; CS CT HC
27 24 25 1 110.7 313.8 ; CT CS HC
27 24 26 1 110.7 313.8 ; CT CS HC
6 2 7 1 107.8 276.1 ; H1 CT H1
10 3 11 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
8 4 9 1 107.8 276.1 ; H1 CT H1
12 5 13 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
19 18 20 1 107.8 276.1 ; H1 CT H1
22 21 23 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
25 24 26 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
28 27 29 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
28 27 30 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
29 27 30 1 107.8 276.1 ; HC CT HC
15 14 16 1 107.8 276.1 ; H1 CT H1
15 14 17 1 107.8 276.1 ; H1 CT H1
16 14 17 1 107.8 276.1 ; H1 CT H1
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
1 2 3 10 5 -4.2384 -2.9665 1.9790 0.0000 ; N3 C1 C2 HC
1 2 3 11 5 -4.2384 -2.9665 1.9790 0.0000 ; N3 C1 C2 HC
1 4 5 12 5 -4.2384 -2.9665 1.9790 0.0000 ; N3 C1 C2 HC
1 4 5 13 5 -4.2384 -2.9665 1.9790 0.0000 ; N3 C1 C2 HC
1 18 21 22 5 -4.2384 -2.9665 1.9790 0.0000 ; N3 C1 C2 HC
1 18 21 23 5 -4.2384 -2.9665 1.9790 0.0000 ; N3 C1 C2 HC
1 18 21 24 5 10.0081 -2.8200 2.3012 0.0000 ; N3 C1 C2 CS
2 1 14 15 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
2 1 14 16 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
2 1 14 17 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
2 3 5 12 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C1 C2 C2 HC
2 3 5 13 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C1 C2 C2 HC
2 3 5 4 5 7.2800 -0.6569 1.1673 0.0000 ; C1 C2 C2 C1
2 1 18 19 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
2 1 18 20 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
2 1 18 21 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C1 N3 C1 C2
3 5 4 8 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 C2 C1 H1
3 5 4 9 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 C2 C1 H1
3 2 1 14 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C2 C1 N3 C2
3 2 1 18 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C2 C1 N3 C1
4 1 14 15 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
4 1 14 16 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
4 1 14 17 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
4 5 3 10 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C1 C2 C2 HC
4 5 3 11 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C1 C2 C2 HC
4 1 18 19 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
4 1 18 20 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
4 1 18 21 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C1 N3 C1 C2
5 3 2 6 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 C2 C1 H1
5 3 2 7 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 C2 C1 H1
5 4 1 14 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C2 C1 N3 C1
5 4 1 18 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C2 C1 N3 C1
6 2 3 10 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
6 2 3 11 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
7 2 3 10 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
7 2 3 11 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
10 3 5 12 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 C2 HC
10 3 5 13 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 C2 HC
11 3 5 12 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 C2 HC
11 3 5 13 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 C2 HC
8 4 5 10 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
8 4 5 11 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
9 4 5 10 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
9 4 5 11 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
14 1 18 19 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
14 1 18 20 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
14 1 18 21 5 1.7405 -0.5356 2.9079 0.0000 ; C1 N3 C1 C2
18 1 14 15 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
18 1 14 16 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
18 1 14 17 5 0.0000 0.0000 2.3430 0.0000 ; C1 N3 C1 H1
18 21 24 25 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C1 C2 CS HC
18 21 24 26 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C1 C2 CS HC
18 21 24 27 5 7.2800 -0.6569 1.1673 0.0000 ; C1 C2 CS CT
21 24 27 28 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 CS CT HC
21 24 27 29 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 CS CT HC
21 24 27 30 5 0.0000 0.0000 1.5313 0.0000 ; C2 CS CT HC
19 18 21 22 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
19 18 21 23 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
20 18 21 22 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
20 18 21 23 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; H1 C1 C2 HC
22 21 24 25 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 CS HC
22 21 24 26 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 CS HC
23 21 24 25 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 CS HC
23 21 24 26 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC C2 CS HC
25 24 27 28 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC CS CT HC
25 24 27 29 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC CS CT HC
25 24 27 30 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC CS CT HC
26 24 27 28 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC CS CT HC
26 24 27 29 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC CS CT HC
26 24 27 30 5 0.0000 0.0000 1.3305 0.0000 ; HC CS CT HC